Rajat ylittävä yhteistyö voi olla virallista instituutioiden välillä. Rajat ylittävää yhteistyötä tapahtuu monilla aloilla, se voi olla valtioiden välistä tai esimerkiksi kuntien ja kaupunkien välistä.
Suomen ja Venäjän välillä on runsaasti rajat ylittävää yhteistyötä. Venäjä on ollut pitkään Suomelle tärkein kauppakumppani ja Venäjä on maa, jonka kanssa Suomella on pisin maaraja. Suomen ja Venäjän raja on tärkeä myös siinä mielessä, että kyseessä on Venäjän ja Euroopan Unionin ulkoraja. EU:lla on useita alueyhteistyöohjelmia Venäjän kanssa. Suomen ja Venäjän välillä on toteutettu kolmea EU:n eurooppalaisen naapuruuden ja kumppanuuden rahoitusvälineestä rahoitettua CBC ohjelmaa: Kolarctic, Karelia ja Kaakkois-Suomi-Venäjä. Nykyään nämä ohjelmat ovat ENI CBC-ohjemia.
Suomella on rajat ylittävää taloudellista ja muuta yhteistyötä myös muilla raja-alueilla. Esimerkiksi Pohjoiset rajat ylittävään ohjelmaa kuuluu alueita Ruotsista, Norjasta ja Suomesta. Suomesta ohjelmaan osallistuvat Pohjois-Pohjanmaan, Keski-Pohjanmaan ja Lapin maakunnat. Ohjelman tavoitteena on parantaa alueen kilpailukykyä ja myös yhteenkuulumisen tunnetta. Temaattisina painopisteinä ohjelmassa ovat mm. elinkeinoelämän kehittäminen, kehitys ja koulutus, alueellinen identiteetti ja saamelaiskysymykset. Hallintoviranomaisena toimiin Norrbottenin lääninhallitus Ruotsissa. Ohjelman rahoitus on 74 miljoonaa, tästä 34 miljoonaa tulee EU:lta ja loput ohjelmaan osallistuvista maista.
Keskinen Itämeri naapuruusohjelmaan osallistuu alueita Suomesta, Ruotsista, Latviasta ja Virosta. Sen keskeisiä painopistealueita ovat kilpailukyky, ympäristö ja hyvät elinolosuhteet. Ohjelmaa hallinnoi Varsinais-Suomen liitto, ja sen muita toimi- ja infopisteitä on Maarianhaminassa, Tallinnassa ja Tukholmassa.
Pohjoisen periferian ohjelmaan kuuluu eri alueita Suomesta, Skotlannista, Ruotsista, Pohjois-Irlannista ja Irlannista. Islanti, Grönlanti ja Färsaaret kuulevat myös ohjelmaan. Suomesta ohjelmaan kuuluu useita eri maakuntia: Lappi, Pohjois-Pohjanmaa, Pohjois-Karjala, Keski-Pohjanmaa, Pohjois-Savo, Keski-Suomi, Kainuu ja Etelä-Savo. Ohjelman hallinnosta vastaa Västerbottenin lääninhallitus, joka sijaitsee Ruotsissa ja jonka sihteeristön pääkonttorin paikka on Kööpenhaminassa. Ohjelman suomalainen yhteyshenkilö toimii Lapin liitossa. Suomessa toimivat yhteistyökumppanit voivat hakea rahoitusta työministeriöltä, ympäristöministeriöltä tai opetusministeriöltä. Ohjelman rahoitus on 35 miljoonaa euroa, sekä Euroopan Unioni että Suomen valtio osallistuvat rahoitukseen. Ohjelman tavoitteisiin kuuluu syrjäisten alueiden talouden ja ympäristön kehittäminen. Tavoitteisiin pyritään muun muassa innovaatioilla, yritysten kilpailukyvyn parantamisella ja kestävän kehityksen tukemisella.